Bio Menace рассказывает о приключениях Снейка Логана, сотрудника ЦРУ с усами, который отправляется на разведку в Метро-Сити по приказу начальства. Город был захвачен мутантами, и Снейк должен разобраться с доктором Манглом, ответственным за хаос.
Bio Menace — это экшен-платформер с видом сбоку, в котором есть несколько видов оружия. По умолчанию агент использует винтовку с бесконечным боезапасом, требующую постоянной перезарядки. Также доступны автомат, супер-ружьё и устройство для стрельбы плазменными стрелами. Есть четыре секретных оружия, гранаты, мины и временный робот-помощник.
В игре 12 уровней, где обычно нужно уничтожить босса или освободить заложника. При переходе на следующий уровень у героя забирают всё собранное добро. Кампанию можно пройти на трёх уровнях сложности. В случае смерти персонаж возрождается на ближайшей контрольной точке, а убитые враги не возрождаются.
Большую часть времени Снейк сражается с чудовищами и роботами, собирает ключи, аптечки и бриллианты. За сбор 50 драгоценных камней даётся дополнительная жизнь.