События шутера от первого лица TRON 2.0 разворачиваются вокруг истории Кевина Флинна, который оказывается в мире компьютеров. Его оцифровали, но благодаря специальной программе «Трон» ему удаётся победить тирана, известного как Программа Мастер Контроля. Однако процесс оцифровки становится бесполезным и забытым.
События происходят через 20 лет после выхода фильма, когда Флинн уже не работает в компании. Алан Брэдли, отец Джета, становится руководителем компании и разрабатывает компьютерную систему Ма-Три-А с собственным искусственным интеллектом. Со временем Флинн узнаёт, что Алан ведёт переговоры с компанией fCon о продаже Ма3а, способной переносить людей в компьютер и обратно. После заключения сделки Алан Брэдли исчезает.
Джет, сын Алана, приходит в лабораторию отца и спрашивает у Ма3а об отце. Ма3а сообщает ему о протоколе защиты и опасном вирусе, который проник в систему. Джет сам становится оцифрованным и начинает свой путь в компьютерном мире.
Игрок начинает с низких уровней и повышает свою версию внутри компьютерного мира, выполняя простые задания, такие как поиск программ и открытие дверей. В процессе повышения версии игрок получает бонусные очки, которые улучшают характеристики персонажа: здоровье, энергию, расход энергии на оружие, восстановление энергии и здоровья, а также мощность процессора, влияющую на скорость портирования, дефрагментации и лечения.
Оружие в игре основано на примитивах, которые игрок может создавать внутри компьютера. Оружие делится на два класса: потребляющее энергию и не потребляющее.
Мир TRON 2.0 полон интересных секретов, о которых умалчивают в фильме.