Codename: Panzers — Phase Two продолжает историю Второй мировой войны, используя сеттинг Второй мировой войны. Это вторая часть серии, которая фокусируется на боевых действиях на Балканах и в Северной Африке. Игра предлагает три кампании, каждая из которых состоит из восьми миссий. Игроки могут выбирать между союзниками, югославами, немцами и итальянцами.
Сюжет представлен с помощью кат-сцен, созданных на игровом движке. В сравнении с оригиналом, Codename: Panzers — Phase Two предлагает более насыщенные уровни и улучшенный искусственный интеллект. В игре появилось двадцать новых юнитов, включая танки с огнеметами, которые могут нагревать корпуса машин противника до такой степени, что экипажи вынуждены покинуть свои машины.
Графика, детализация и анимация были улучшены, что сделало игру более привлекательной. Так как это тактическая RTS, здесь нет возможности строить здания и создавать солдат или бронетехнику на базе. Вместо этого игрокам приходится следить за своими подопечными и их боеприпасами.
Армия пополняется новыми боевыми единицами между операциями, а покупка более мощных образцов требует больше очков престижа. Войско состоит из пехоты, артиллерии и танков. Для ремонта юнитов используются медики и ремонтные грузовики. На локациях также встречаются склады, которые восстанавливают здоровье и прочность всех юнитов в радиусе своего действия. Уничтожать эти постройки нельзя.
Игра также позволяет захватывать транспорт противника и использовать его для своих целей, а также отправлять солдат в дома, дзоты и вышки для выполнения задач. Сами постройки разрушаемы, что добавляет элемент реализма в игровой процесс.