The Inner Sea — это ролевое приключение в открытом мире, которое разворачивается в XVII веке на огромном архипелаге, состоящем из множества островов с уникальными локациями. Игроку предоставляется управление огромным парусным фрегатом, который нужно улучшать на протяжении всей однопользовательской кампании. Кроме участия в морских сражениях против превосходящих сил противника, игрок занимается торговлей, сбором улучшений для корабля и наймом преданной команды, готовой на всё ради победы.
Сюжетная линия начинается с путешествия главного героя, который взялся за задание от влиятельных людей. Попав в мощный шторм, протагонист чудом выживает, когда корабль и команда получают серьёзные повреждения. Игра предлагает несколько путей развития для игрока, который может стать злодеем и грабить прибрежные территории или попробовать себя в роли защитника мирного населения. Нелинейность влияет на завершение не только определённых заданий, но и на финальные сцены.
Особенностью игрового процесса является то, что перед началом каждой новой игры архипелаг процедурно генерируется случайным образом с помощью специального искусственного интеллекта. Это позволяет перепроходить проект с другими выборами и исследовать различные территории. Кроме сюжетных заданий, на карте расположены побочные миссии, которые помогают собирать улучшения и деньги для покупки недостающих материалов.