RAIN Project — это двухмерный платформер с аниме-стилистикой, который фокусируется на битвах с боссами и мини-боссами. Действие происходит в мире, населённом людьми и ёкаями, которые сражаются друг с другом в специальных дуэлях.
Главная героиня по имени Санаэ просыпается в Генсокё, изолированном месте, и отправляется на гору в поисках ответов. Вскоре она обнаруживает, что её воспоминания исчезли, а местные божества вышли из-под контроля.
RAIN Project является неофициальным продолжением популярной вселенной Тоха и предназначен для новичков, хотя и рассчитан в первую очередь на поклонников этой франшизы. Героиня умеет бегать, прыгать и сражаться с врагами с помощью клинка. Она также может цепляться за стены и отталкиваться от них. Девушка бьёт туда, куда указывает курсор мыши. Игра предлагает не только бои с боссами, но и исследование локаций, сражение с мелкими врагами и общение с дружественными персонажами. Уровни сложности в игре отсутствуют.