Tale of Ninja: Fall of the Miyoshi отправляет игроков в Японию времён Сэнгоку, где клан Миёси стремительно возвышается и захватывает провинции Кинки и Сикоку за считаные десятилетия. Игрокам предстоит выяснить, как такой быстрый переход власти стал возможен, и познакомиться с реальными историческими личностями, такими как Сого Кадзумаса и Мацунага Хисахидэ.
Игра представляет собой экшн от третьего лица с элементами ролевой игры, где игроки управляют ниндзя. Персонаж способен бегать, ускоряться, прыгать, перекатываться, блокировать атаки и размахивать мечом. На каждом уровне необходимо выполнить определённое задание.
На уровнях встречаются наставники, которые дают советы и подсказки. Задания разделены на четыре типа: путь леса, путь горы, путь огня и путь ветра. Эти пути требуют быстрого достижения цели, уничтожения противников, использования хитрости для победы над врагами и прохождения миссий без обнаружения и убийства противников.
Часто игра предоставляет мало информации в начале уровня, и игрокам приходится самостоятельно добывать дополнительные сведения. После завершения каждого уровня подсчитывается успех и выставляется итоговая оценка.
Протагонист посетит лесные и горные районы, а также восточные храмы и деревни.