Gun Gun Pixies — это захватывающий экшен от третьего лица с элементами головоломки и приключений. Игра выполнена в ярком аниме-стиле и предлагает игрокам окунуться в мир миниатюрных инопланетян, которые оказались на Земле.
Игрокам предстоит управлять отважными героинями — маленькими инопланетянками, которые должны спасти свою расу от гибели и изучить жизнь землян. Геймплей игры сочетает в себе элементы классического TPS, где игроки перемещаются по локациям и сражаются с врагами, и головоломки, требующие взаимодействия с окружающими предметами и девушками.
Врагами героинь являются космические захватчики, а в процессе игры игроки собирают различные квестовые предметы и монетки. Скрытые вещи могут быть где угодно — на шкафах, кроватях, в нижнем белье и даже на телах девушек. Большинство заданий связано с взаимодействием с девушками, что добавляет игре пикантности и оригинальности.