Super House of Dead Ninjas — это уникальная смесь рогалика, экшена и аркадного платформера с видом сбоку. Игроку предстоит управлять девушкой-ниндзя, которая должна прорваться сквозь ловушки и врагов к боссу за отведённое время — 40 секунд. После победы над боссом цикл повторяется, но уже в других декорациях.
В игре представлено 52 типа противников и 8 разновидностей боссов. На уровнях можно найти бонусы, восстанавливающие таймер. Если не уложиться во время, то появится мощный монстр и убьёт героиню. Ниндзя погибает с любого попадания, но ей выдаются дополнительные жизни.
Вместо подземелья в игре используется случайно генерируемая башня, состоящая из разных комнат (около 230 вариаций). Героиня начинает с вершины и быстро спускается по этажам, уничтожая врагов и уклоняясь от их атак или опасных элементов окружения, таких как шипы. У ниндзя есть оружие для ближнего и дальнего боя, магия и бомбы. Всё это можно заменить.
При убийстве врагов растёт специальная шкала, которую нужно заполнить, чтобы героиня впала в ярость. За выполнение внутриигровых достижений открываются новые костюмы, перманентные улучшения и вооружение. Сначала девушка использует острые когти и сюрикены, затем может вооружиться хлыстом, пистолетом, нунчаками и другими смертоносными предметами. Все дальнобойные атаки расходуют свои снаряды, а бомбы и магические заклинания позволяют уничтожать не только врагов, но и каменные блоки.
Также в игре есть возможность играть за альтернативного персонажа и открыть дополнительную концовку.