Her Majesty’s Ship — это стратегия в реальном времени, где игрок начинает свой путь в роли адмирала флота с должности капитана третьего ранга, что позволяет ему управлять одним судном и командой. Большая часть игрового процесса происходит на глобальной карте, а сражения проходят на меньших локациях с изменённой камерой.
Продвигаясь по карьерной лестнице, игрок получает больше возможностей и доступ к новым механикам, которые были заблокированы в начале игры. Огромный список из 37 достижений мотивирует игрока стремиться к стопроцентному прохождению.
В игре доступны два режима: одиночный, где противниками выступают компьютерные капитаны с искусственным интеллектом, и мультиплеер, позволяющий приглашать друзей для захватывающих морских сражений. На выбор предлагаются британский, испанский, французский и португальский флоты, которые доминировали в морских просторах в Средние века.
Помимо сражений с врагами, игроку предстоит выполнять задания команды. Если игнорировать их требования, на корабле может начаться мятеж, который приведёт к гибели протагониста от рук его бывших союзников.