Super Neptunia RPG — это захватывающее ролевое приключение в двухмерном мире, полное увлекательных битв в пошаговом режиме. Главный герой этой истории — Нептуния, девушка, которая из-за амнезии забыла всё, кроме своего имени. Вместе с тремя знакомыми девушками, обладающими суперспособностями и навыками магического боя, игрок преодолевает все препятствия на пути к финальным эпизодам, завершая длинную сюжетную линию.
Предыдущие игры этой серии проходили в трёхмерном пространстве, в отличие от Super Neptunia RPG. Основная сюжетная линия основана на идее о том, что из-за невероятных изменений во Вселенной мир стал двумерным. Во время приключений виртуальная героиня узнаёт, что стало причиной таких радикальных перемен. После получения этих знаний девушки отправляются спасать галактику, пытаясь вернуть её к прежнему виду.
Игроку предстоит улучшать своих подопечных девушек. Кроме улучшения навыков, доступна замена снаряжения на более мощные варианты. Оружие, броня, аксессуары и расходные материалы выпадают из побеждённых вражеских юнитов, которые населяют локации, где находятся героини. Перед началом боя с противником игроку предоставляется возможность изменить снаряжение богинь-героинь и адаптироваться к врагу.