Age of Empires III — это захватывающая стратегия в реальном времени, действие которой происходит в 1565 году. Вы управляете героем по имени Морган Блэк, членом Мальтийского ордена, которому поручено защищать цитадель от Османской империи под руководством Сахина. Во время битвы Морган обнаруживает древний текст, описывающий таинственное Лунное озеро.
Морган отправляется в Новый Свет, чтобы найти это легендарное место. На своём пути он сталкивается с пиратами Элизабет Рамси и попадает на полуостров Юкатан.
Сюжет Age of Empires III разделён на три акта: Кровь, Лёд и Сталь. События каждого акта разворачиваются на уникальных территориях, где Морган встречает разных персонажей и участвует в различных войнах.
Морган проходит Семилетнюю войну и встречается с Джорджем Вашингтоном, становится свидетелем основания компании «Фалькон» и участвует в войне с мексиканцами.
В конфликте участвуют следующие страны: Великобритания, Пруссия, Голландия, Испания, Португалия, Российская империя, Османская империя и Франция. У каждой страны есть свой лидер, такой как Наполеон I, Елизавета I, Иван Грозный IV, Генрих Мореплаватель и другие. Каждый полководец обладает уникальными способностями. Например, Елизавета строит особняки вместо домов, Генрих использует подзорную трубу, а Иван создаёт пехоту и поселения сразу большими группами людей.
К основной игре Age of Empires III прилагаются два крупных дополнения: The WarChiefs и The Asian Dynasties. Первое дополнение вводит три коренных народа Америки: ирокезов, сиу и ацтеков, а также новый тип юнитов — пехоту колониальной армии. Второе дополнение посвящено азиатским странам, таким как Япония, Китай и Индия. Сюжет этого дополнения не связан с основной игрой.