Evil Genome — это захватывающая метроидвания с трёхмерной графикой и камерой, расположенной сбоку. События игры происходят в мрачном будущем, где летающий корабль терпит крушение в постапокалиптических пустошах. Выжившая Лахезис должна найти способ вернуть свою память и раскрыть тайну своего преследования.
С самого начала героиня умеет только бегать, прыгать, уворачиваться, стрелять из пистолета и махать мечом. Однако по мере прохождения она открывает новые активные и пассивные навыки, которые позволяют ей преодолевать различные препятствия и открывать ранее недоступные локации.
Дерево умений в Evil Genome содержит 50 навыков, разделённых на активные и пассивные. Некоторые из них позволяют героине создавать свои копии, стрелять проджектайлами, пронзать врагов клинком и устанавливать ловушки.
Геймплей состоит из сражений с противниками, битв с боссами и исследования мира. Оружие и броня не только делают Лахезис сильнее, но и изменяют её внешний вид. В игре есть выбор сложности, но даже на лёгком уровне враги могут представлять серьёзную угрозу.