ElySion — это увлекательный скролл-шутер, в котором милые девушки-аниме сражаются с инопланетными захватчиками на планете Аркадия. Автодроны начали межзвёздную войну, и после её завершения мир оказался в руинах. Сион Обсидиас создала серию экзоскелетов Валькирия, чтобы уничтожить оставшихся автодронов и восстановить мир на планете.
Игровой процесс сочетает в себе элементы научной фантастики, сайд-скроллера и упрощённой стратегии. В сюжетной кампании представлено более 15 000 строк диалогов. Игроку предстоит стрелять во врагов, бросать бомбы и замедлять время. В режиме рапида становится доступной двойная стрельба из пулемёта, увеличивающая урон вдвое. Выстрелы обладают эффектом распространения, и чем дальше от противника, тем меньше урона от атаки. Чем быстрее игрок уничтожает врагов, тем ценнее предметы остаются после них.
Для эффективного сражения и получения дополнительных бонусов важно находиться как можно ближе к врагу. В игре есть полоса здоровья, которая восстанавливается при подборе специальных предметов. Игроку предоставляется выбор из пяти героинь, каждая из которых обладает уникальными особенностями и личным экзоскелетом. Среди персонажей представлены Сион Обсидиас, Рури Клеродендрам, Хайди Ю, Ликорис и Элис. У каждой героини своя биография и предыстория, но всех их объединяет то, что они являются членами 99-го воздушного батальона по борьбе с автодронами.