Star Control 3 — это космический экшен с переработанным игровым процессом, акцентом на сюжете и новыми расами. Игра начинается со взрыва станции Предтеч, после чего главный герой возвращается на родную планету, чтобы построить боевой шаттл. Затем он отправляется в путешествие по галактике, чтобы найти союзников и объединить их против общего врага.
В игре представлены следующие расы: люди, чммры, майконы, орзы, пкунки, спати, сирены, ур-кваны, атвиги и ваксы. Игровой процесс отличается от предыдущих игр: вне боя управление шаттлом осуществляется мышью, во флотилии может быть до 25 кораблей, разрешается колонизировать планеты и добывать ресурсы. Мгновенные прыжки сквозь галактику возможны, но требуют больших запасов топлива.
Гегемония Креста включает такие расы: клэрконктлэры (каменьобразные дружелюбные воины), дактаклакпаки (роботизированные существа), дугзы (раса рабов), харика и ёрны (хищные трупоеды), к’танги каттари (четырёхрукие убийцы) и плоксисы (крысоголовые плутократы).