Metamorfose S — это уникальная смесь экшена, платформера, исследования и ролевых элементов, которая представляет собой метроидванию. Игра проходится примерно за 8 часов и рассказывает историю о парне по имени Себастьян, созданном учёным Джерри для уничтожения сбежавших образцов.
В игре есть прокачка персонажа, где опыт даётся за убийство врагов. С ростом уровня выдаётся одно очко для улучшения характеристик героя: здоровья, маны, силы, защиты, удачи, шанса критического удара и урона от него. Из убитых противников выпадают различные материалы для крафта оружия, брони и бижутерии.
По мере прохождения герой получает новые способности, например, двойной прыжок для доступа к ранее недоступным местам. Уровни наполнены секретами и скрытыми областями. В ближнем бою Себастьян сражается с монстрами с помощью клинка, на дальних дистанциях использует метательные ножи и заклинания. Также герой может превращаться в когтистого гуманоида с крыльями. Враги включают скелеты, мутантов, гигантских скорпионов, моллюсков, роботов и киборгов. В игре есть битвы с боссами.