Rusty Lake: Roots — вторая часть серии уникальных головоломок. Геймплей предлагает игрокам 33 различных задания разной степени сложности. Особенность Rusty Lake: Roots заключается в том, что головоломки выстроены по принципу генеалогического древа.
По мере прохождения игры открывается бонусный уровень, но для его разблокировки нужно выполнить определённые действия. Игра предлагает запутанный сюжет и предоставляет возможность управлять главным героем Джеймсом Вандербумом. Его история начинается с момента, когда он решает посадить семечко необычного дерева в саду своего унаследованного участка.
По мере роста дерева открываются портреты членов родословной протагониста. Каждый уровень представляет определённый период жизни Джеймса и его родственников. Он начинает свой путь как одинокий мужчина, но постепенно обзаводится женой и тремя детьми.
Геймплей представляет собой классический point-and-click, где игроки должны искать активные предметы на локациях и применять их логически. По уровням разбросаны записки и дневники, содержащие дополнительную информацию о персонажах и истории.
Атмосфера игры может меняться от спокойной и умиротворённой до напряжённой и гнетущей. Игровой процесс не содержит экшена, предлагая игрокам таинственное, мистическое и шокирующее приключение обычного человека.