В игре Thomas Was Alone игрок управляет оранжевым прямоугольником по имени Томас и преодолевает трудности на протяжении сотен уровней. В этом ему помогают другие геометрические фигуры, такие как квадраты, треугольники и круги. Вместе они решают головоломки и преодолевают препятствия, используя свои уникальные способности.
Томас — оранжевый прямоугольник, который умеет прыгать. Но вскоре он осознаёт, что его навыков недостаточно, и тогда на помощь приходят его друзья. Вместе они отправляются в захватывающее приключение по геометрической вселенной, стремясь достичь конечной цели.
В игре представлено десять персонажей с различными способностями, и игрок может переключаться между ними. Одни персонажи умеют высоко прыгать, другие — пролезать через узкие тоннели, а Томас служит для них опорой. Таким образом, герои могут подсаживать друг друга на высокие платформы или создавать мосты для преодоления рвов с водой.
События адвенчуры Thomas Was Alone разворачиваются в виртуальном мире, где после определённого события искусственный интеллект обретает индивидуальность и способность действовать самостоятельно. Каждый персонаж представлен в виде цветного прямоугольника, способного перемещаться влево-вправо и прыгать. По мере прохождения уровней игроку предстоит сталкиваться с более сложными испытаниями, такими как кольцевые коридоры и уменьшение количества островков над ловушками.