Игра Mushroom 11 выполнена в уникальном жанре, который можно назвать «антиплатформером». Главная особенность геймплея заключается в том, что единственный способ передвижения в игре — это разрушение. Игрок может придавать герою любую форму, разрушая его собственные клетки.
Игроку предстоит отправиться в путешествие по опустошённым ландшафтам и исследовать постапокалиптический мир, страдающий от мутаций. На пути будут встречаться многочисленные препятствия, головоломки и странные создания.
Особенность игрового процесса Mushroom 11 заключается в самом герое — аморфном существе, способном менять форму при отрезании частей клеток. Герой мгновенно отращивает новые клетки, меняя свою форму. Во время прохождения игры игроку предстоит разгадать загадку мира и узнать причины тотальной разрухи.
В игре встречаются разнообразные мутировавшие существа и организмы. Каждая локация содержит набор загадок, ловушек и препятствий. Также в игре много разных боссов, сражение с которыми требует логики и смекалки. Игроку придётся использовать разные способы передвижения, такие как растягивание над пропастью, использование отверстий для проникновения внутрь и взбирание на вертикальные стены.