Hidden Deep — это научно-фантастический триллер с элементами шутера и головоломок, действие которого происходит на океанической подводной базе на глубине 1,6 километра. Однопользовательская кампания, рассчитанная на 20 часов полного прохождения, начинается с обнаружения аномальной активности в исследовательской лаборатории. Для расследования туда отправляют группу спасателей, связь с которыми теряется спустя некоторое время. Вторым отрядом руководит главный герой, который стремится спасти пропавших и выяснить причины происшествия.
Главный герой выступает в роли капитана отряда, поэтому ему приходится отдавать приказы другим членам команды спасателей. Каждый уровень сюжетной кампании полон опасностей, ловушек, закрытых дверей, завалов и странных звуков, а также настоящих инопланетян, попавших в это место неизвестным образом. Сюжетные повороты содержат пасхальные яйца и отсылки к культовым франшизам, таким как «Чужой» и «Half-Life».
В распоряжении главного героя есть широкий арсенал различных устройств, которые помогают преодолевать трудности: крюк-кошка, сканирующие дроны для разведки соседних отсеков лаборатории, тяжёлая техника для разбора завалов и многое другое. Все эти приспособления пригодятся во время спасательной операции, где каждая минута на счету.