Zanki Zero: Last Beginning — это захватывающее ролевое приключение с кат-сценами, выполненными в стиле виртуальной новеллы. Множество разнообразных персонажей, участвующих в сюжете, создают множество диалогов между главными и второстепенными героями. Камера расположена таким образом, что игрок видит всё вокруг от первого лица, и поддерживает любые контроллеры. На уровнях спрятаны секретные коллекционные предметы, собрав которые, можно полностью пройти однопользовательскую кампанию.
Сюжетная линия рассказывает о восьми персонажах, объединённых тем, что все они совершили смертные грехи в своей жизни. Вымышленный мир игры основан на истории о разрушенной планете, затопленной из-за пагубного воздействия людей на природу и баланс. Теперь на поверхности остались только крупные острова, образовавшиеся в результате неполного затопления горных вершин.
Игровой процесс включает в себя исследование локаций, сражения с врагами в подземельях и на открытых пространствах, а также поиск материалов для крафта и лечебных предметов. Когда персонажи попадают под контроль, оказывается, что они клоны. Это приводит к тому, что каждый герой возрождается через 13 дней после своего появления. Эта механика также используется в кампании.