CometStriker DX рассказывает историю лейтенанта, который должен спасти свою родную планету от опасной космической станции. Эта станция живая и поглощает всё на своём пути. Чтобы уничтожить её, лейтенант использует пушку планетарной защиты.
Главный герой отправляется в путешествие по другим мирам в поисках древних энергетических ядер, чтобы зарядить своё оружие. CometStriker можно отнести к двухмерным экшенам с видом сбоку. Бои проходят на одном экране, и управление персонажем осуществляется с помощью минимального количества кнопок. Лейтенант может стрелять влево и вправо, летать в восьми направлениях и ускоряться. На уровнях встречаются усиления.
Кроме главного героя, в игре есть ещё пять персонажей, за которых можно играть. Их разблокируют по мере прохождения. Кампания состоит из пяти этапов с обычными противниками, мини-боссами и главными злодеями. Игроку предоставляется выбор из четырёх уровней сложности. Обычные уровни линейны, но имеют разные маршруты. Кроме основной истории, в игре есть лабиринт с случайно сгенерированными уровнями (как в рогаликах), одноуровневый режим для тренировок и сражения с боссами. За убийство врагов игрок получает очки, множитель которых сбивается при получении урона. Смерть героя приводит к потере одной жизни и всех собранных улучшений.