Ultimate DOOM добавляет новые уровни к классическому шутеру девяностых годов. Это не мод, а официальное переиздание. В новой версии, помимо трёх основных эпизодов (Knee-deep in Dead, The Shores of Hell, Inferno), появился новый — Thy Flesh Consumed. В нём содержится восемь уровней, включая один секретный, и этап с битвой с боссом.
Все элементы из оригинала присутствуют и в The Ultimate DOOM. Общий набор уровней составляет 36. Оружие и снаряжение остаются прежними. В ближнем бою безымянный морпех использует кастет и бензопилу. На расстоянии он уничтожает демонов с помощью пистолета, пулемёта, дробовика, плазмогана, ракетницы и легендарной пушки BFG9000.
На уровнях морпех находит броню, аптечки и колбы, которые восстанавливают и увеличивают защиту и здоровье. Также он ищет ключи и карты доступа для открытия дверей или снятия барьеров. Иногда встречаются артефакты, которые временно делают героя неуязвимым, невидимым, защищают от кислоты и лавы, позволяют видеть в темноте или вводят в состояние берсерка.
Игроку предоставляется выбор из пяти уровней сложности: I’m too young to die, Hey, not too rough, Hurt me plenty, Ultra-Violence и Nightmare. Чем выше сложность, тем больше врагов и меньше патронов. А на Nightmare монстры возрождаются через некоторое время после смерти.