10 Second Ninja предлагает уникальный геймплей, основанный на концепции ограниченного времени. Игроку даётся всего 10 секунд на прохождение каждого уровня, чтобы успешно справиться с врагами. Игра относится к жанру платформеров, и для новичков предусмотрена система подсказок.
Сюжет 10 Second Ninja разворачивается вокруг капитана Большеборода, который похищает лесных друзей главного героя и превращает их в роботов. Шустрый ниндзя отправляется на спасение своих друзей и оказывается на корабле антагониста, где встречает дружелюбного NPC Бенджи. Выбор уровней происходит на борту судна, где можно найти секреты и пообщаться с Бенджи на забавные темы.
Персонаж может бегать, прыгать, размахивать катаной и метать сюрикены, которые выдаются на каждый уровень в ограниченном количестве. Как только игрок совершает какое-либо действие, таймер запускается и начинает отсчитывать время. За успешное прохождение уровня можно получить максимум три звезды, необходимых для доступа к новым зонам. Сложность возрастает постепенно, и по мере прохождения появляются силовые поля, ловушки и неуязвимые враги, которых можно победить только с помощью дефицитных сюрикенов.
Также доступен дополнительный и сложный режим «Марафон», где игрок должен пройти все уровни в каждом мире без перезапуска и права на ошибку.