Project Root — это необычный скролл-шутер, который на самом деле является аркадным экшеном. Игрок управляет футуристическим истребителем и наблюдает за происходящим с высоты птичьего полёта. Геймер может свободно перемещаться и поворачиваться в любом направлении, а экран не движется вперёд автоматически.
В Project Root боевой самолёт не погибает от одного попадания благодаря прочной обшивке, способной выдержать десятки вражеских выстрелов. У самолёта есть два основных ствола для уничтожения воздушных и наземных целей соответственно, а также дополнительное вооружение: лучевая пушка, самонаводящиеся ракеты, бомба, уничтожающая все прожектайлы противника, и ракетница, стреляющая залпами.
Истребитель можно улучшать, зарабатывая опыт в боях и повышая уровни. Очки распределяются по параметрам: броня, манёвренность, скорость, сила обычного и специального оружия. Вся набранная «экспа» сохраняется даже после поражения.
В игре представлены три уровня сложности, а сюжет посвящён борьбе со злыми корпорациями. Компания «Прометей» под руководством Деметрио Уоттса открывает новые технологии и снижает цены на электричество, что позволяет ей заручиться поддержкой населения и контролировать почти весь рынок. Группа повстанцев ведёт подпольную борьбу с этой организацией и её президентом, зная их истинные цели. Игрок выступает на стороне бунтарей, а история подаётся между миссиями, которых всего девять.