JJBoom создана для совместной игры с двумя-четырьмя участниками. В ней доступны локальный и сетевой многопользовательские режимы. Управление персонажами осуществляется с клавиатуры или геймпада с использованием всего шести кнопок. Разработчики не предусмотрели возможность игры с ботами.
Графика в JJBoom пиксельная и трёхмерная, камера расположена сбоку. Персонажи могут бегать, прыгать (включая двойной прыжок), подбирать и бросать предметы, такие как бомбы разных размеров и форм, ракетные боеголовки и наковальни. Игра позволяет отбирать снаряды у противников, перехватывать выпущенные ими объекты в полёте и даже бросать самих врагов.
Сражения проходят на десяти картах, каждая из которых имеет уникальные особенности и элементы окружения, которые можно использовать против врагов. Битвы проходят в пределах одного экрана и делятся на два типа: выживание и битва. В первом режиме нужно уклоняться от снарядов с разной взрывной волной, а во втором — использовать меткость и смекалку для уничтожения противников.