В далёком будущем происходит инцидент, о котором рассказывает игра Rex Rocket. Учёные просят экипаж корабля SS Montana доставить особую форму жизни — необычных слизняков — на необитаемую планету. Однако, когда команда ложится в криокапсулы и засыпает, слизняки сбегают и сводят с ума бортовой компьютер. Теперь главному герою предстоит остановить ИИ, вернуть контроль над звездолётом и спасти своих коллег.
Rex Rocket — это метроидвания с двухмерной пиксельной графикой и видом сбоку. В начале игры вы выбираете пол персонажа: Рексфорд или Рексанна. Герой — ветеран и капитан корабля. Ему предстоит исследовать сильно изменённое судно, состоящее из 100 отсеков.
Изначально персонаж может только скользить по стенам, прыгать, бегать и стрелять в четырёх направлениях. Позже он получает новые способности, такие как ракетный ранец, зарядка выстрелов и телепортация, которые помогают в битвах с противниками и открывают доступ к ранее недоступным местам.
Помимо основного оружия, есть несколько типов дополнительных пушек, расходующих энергию и восстанавливающихся самостоятельно. Размер обоймы для этих пушек можно увеличить с помощью специальных апгрейдов. Другие предметы позволяют увеличить максимальный запас здоровья или восстановить его полностью. Также встречаются блоки данных, раскрывающие местный лор.