В KnifeBoy Rebooted главный герой продолжает борьбу с диктатурой даже после своей смерти. Мировая власть разрушается, когда к управлению приходят диктаторы. Главный герой возглавляет восстание, но погибает, и их движение распадается. В мире устанавливается новый режим под руководством Анонима, который оказывается ещё более жестоким, чем предыдущий. Найфбой возрождается, и рядом с ним оказывается его верная подруга Блу. Он теряет память, но решает продолжить начатое дело и найти своих убийц.
События разворачиваются в альтернативном городе Невада, который можно исследовать. Во время прохождения восьми уровней герой выполняет различные задания, собирает бонусы и сражается с многочисленными врагами. Среди противников есть агенты в костюмах и странные существа.
Главный герой умеет совершать классические прыжки с платформ и уклоняться от оружия. Также ему приходится собирать предметы на своём пути, которые помогают узнать больше об игровом мире и прошлом Найфбоя. Катсцены дополняют сюжет и выполнены в стиле комиксов.
В игре много разнообразных миссий, например, некоторые из них предлагают несложные прыжки для преодоления препятствий, а другие требуют ночного прохождения. Кроме того, здесь есть интересные побочные квесты, основанные на теориях заговора, такие как «Реален ли Бигфут?» и «Розуэлл U.F.O».