Cargo Commander — это уникальный платформер с элементами рогалика, рассказывающий о жизни космического грузчика, который собирает потерянные контейнеры с лутом по всей галактике. Вместо левой руки у главного героя есть устройство под названием Fistcannon, представляющее собой смесь дрели и пушки. Также он может использовать обычное оружие.
По сюжету герой заботится о своей семье и дочери, выполняя тяжёлую работу вдали от дома. История раскрывается через письма от начальства и родных. В Cargo Commander есть случайно генерируемые уровни и полностью разрушаемое окружение. Доступны два одиночных режима: карьера и путешествие. Есть система прокачки, реализованная через улучшение экипировки.
Игровой процесс заключается в следующем. Жилище персонажа оснащено магнитом, который притягивает к себе дрейфующие контейнеры и отсеки. После стыковки герой отправляется исследовать помещения, где ищет ценный или не очень груз и возвращается с ним до того, как хранилище будет поглощено чёрной дырой. Во время исследования герою приходится сталкиваться с враждебно настроенными инопланетянами и мутантами, а также избегать ловушек и искать аптечки и патроны.