Runestone Keeper — это игра в жанре «рогалик», сочетающая элементы классических ролевых игр и пошаговых стратегий. Игроку предоставляется широкий выбор героев, которых можно превратить в могущественных воинов или опасных магов. Различные билды создаются благодаря нелинейной прокачке и разнообразному луту, улучшающему характеристики персонажа.
Каждое новое приключение ощущается по-разному благодаря случайно сгенерированным локациям, врагам и ловушкам, созданных откалиброванным искусственным интеллектом, исключающим ошибки и неточности. В подземельях также встречаются алтари, сундуки с предметами и случайные события, которые меняют тактику игрока.
Прокачка героя не ограничивается выбором навыков и снаряжения. Получив редкое оружие и мощные способности, игрок может выбрать одного из богов и присягнуть ему на верность. Это даёт доступ к бонусам, усиливающим характеристики героя. Однако для постоянного улучшения требуется выполнять требования бога, иначе игрок получит проклятие, усложняющее прохождение.