Metaloid: Origin — это захватывающий двухмерный шутер-платформер с элементами сайд-скроллера, который отправляет игроков в путешествие по вымышленному технологическому миру, населённому разнообразными расами и монстрами, напоминающими адских созданий. Во время прохождения игроки могут управлять тремя протагонистками-андроидами — Эрикой, Зетой и Невой. Каждая из них обладает уникальными способностями и оружием, что отличает их друг от друга, кроме внешнего вида и голоса.
Однопользовательская сюжетная кампания состоит из девяти огромных уровней с различными сложностями на пути к финальной битве с боссом. Игровой процесс контролируется с помощью контроллеров от разных производителей.
Сюжетная линия рассказывает о сложном путешествии девушек, решивших спасти свою родную планету от злого антагониста по имени Луциан. Этот злодей управляет мощной корпорацией, вооружённой роботизированными созданиями и мутантами. Сила мобов зависит от выбранного уровня сложности, которых всего два. В более сложном варианте противники двигаются быстрее, бьют сильнее и владеют новыми приёмами.
Благодаря механикам, заимствованным из ролевых игр, игроки могут улучшать способности главных героинь, собирая специальную валюту — самоцветы. Улучшение позволит получить преимущество над противниками в любой части мира, будь то жаркая пустыня или пещера глубоко под землёй возле действующего вулкана.