CYPEST Underground предлагает вам стать компьютерным вирусом и проникнуть в различные системы, собирая данные и избегая защитных программ. Цель игры — набрать максимальное количество очков и установить рекорд, а затем соревноваться с другими игроками.
CYPEST Underground представляет собой двухмерную аркаду с видом сверху, напоминающую вертикальный скролл-шутер. Вирус движется вперёд самостоятельно, и управлять им можно только с помощью двух кнопок. Во время прохождения уровней вам нужно уклоняться от препятствий и собирать файлы с данными, сражаясь с антивирусными программами и брандмауэрами.
Игра содержит более 50 уровней возрастающей сложности, и некоторые из них можно пройти только путём запоминания расположения объектов. Карты содержат зоны с ускоренным временем, что добавляет игре динамики и разнообразия.